在讨论毕业院校系的命名时，应该选择学校名称。这是基于学校名称能全面反映其固有特征的原则。

使用学校名称作为毕业院校系的标识，能让人们在听到或看到该名称时，立刻联想到该学校的历史、学术地位、文化氛围以及其在社会中的影响力。例如，提及北京大学、清华大学等，人们马上会想到这些学校在学术界、科研领域乃至整个社会中的重要地位，以及它们培养出的众多杰出人才。

学校名称是独特且具有象征性的标识，它不仅仅代表了教育机构的地理位置，更重要的是承载了该学校的历史传承、教育理念和学术成就。选择学校名称作为毕业院校系的命名，有助于提升毕业生的荣誉感和归属感，同时也为外界提供了清晰的识别标准。

此外，使用学校名称作为毕业院校系的标识，还能避免混淆和误认。在不同校区、分院、系部并存的大学体系中，统一使用学校名称可以有效避免因地域、专业设置等差异导致的名称混淆问题，让社会各界在交流、合作、招聘等活动中能够准确无误地识别和定位。

综上所述，选择学校名称作为毕业院校系的命名，既体现了对学校固有特征的尊重和传承，也便于社会公众识别和理解，对于提升学校形象、增强毕业生荣誉感以及促进教育交流与合作具有重要意义。