腹痛的根源从病理学角度可分为两大类：首先，体干性疼痛，它通过脊神经传递，当腹部的内脏发生病变，并影响到腹膜壁层或肠系膜根部时，患者会感受到这种疼痛。这种类型的疼痛通常源于实质性的组织问题。

其次，内脏性疼痛主要通过自主神经系统来引发。当消化系统的黏膜遭受炎症、充血、缺血的刺激，或者肠道肌层发生扩张、痉挛，或是肠系膜受到牵拉时，人们会感到疼痛。在大多数情况下，消化系统疾病引发的疼痛主要属于内脏性疼痛，反映了肠道内部的生理变化。