日本留学签证办理流程复杂，首要是学校同意接收后，需准备完整材料递交日本入管局，申请“在留资格认定证明书”，通常由学校代为申请。该证明书有效期为3个月，必须在有效期内在日本驻华使领馆申办签证并入境，否则自动失效。申请时需通过使馆指定代办机构。

日本出入境管理制度对外国人在日本的活动及地位进行了分类，制定了30种“在留资格”，并规定了每种资格的“在留期间”。留学生在日本的大学或日语教育机构学习，可取得“留学”类在留资格，但上夜校或通过函授教育的情形除外。

在日本学习的外国学生可取得的“留学”类在留资格包括：大学、大学院、短期大学、专修学校的专业课程及预备教育机构；高等专门学校；以及高等课程或一般课程，这些学校在设备及编制上与各类学校相当。

申请“在留资格认定证明书”的方式有两种：希望前往日本的外国人本人可直接向日本公馆申请签证；或由预备入学的教育机构工作人员向所在地地方入国管理局提交交付申请。取得证明书后，由预备入境的该外国人本人持证明书到日本公馆办理签证。

申请“在留资格认定证明书”所需的文件资料较多，具体根据不同教育机构的要求而异。基本材料包括：学校指定申请表格、入学申请书、履历书、就学理由书、经费支付书、6张照片、毕业证书原件、成绩证明书或成绩认证报告、日语学时证明、日语考试等级合格证书、日语考试准考证复印件、获奖证书、亲属关系公证书、存款证明书及存单复印件、担保人的在职、收入证明及纳税证明书、户口本复印件等。