货代公司可以开船务费发票。根据查询相关公开信息显示：货代公司可以根据客户要求开具船务费发票，但需要遵守相关税法规定。在中国，货代公司开具船务费发票需要符合一定的条件，如必须取得《道路运输经营许可证》等资质证书，同时还需遵循《中华人民共和国海关进出口货物报关管理条例》相关规定。因此，如果您需要货代公司开具船务费发票，建议您提前与货代公司沟通并了解其相关资质和开票流程。