该基金应计入营业税金及附加科目中。

因为水利建设基金是一项政府性基金，专项用于水利建设，它的收入和支出都与水利建设有关，因此会计入“营业税金及附加”的科目中。

在会计分录中，计提水利建设基金时，会计分录为：借：营业税金及附加，贷：应交税费应交水利建设基金；缴纳时，会计分录为：借：应交税费应交水利建设基金，贷：银行存款。