若发现自己建造师注册被他人恶意挂靠，应采取相应措施进行处理。首先，应当尽快联系挂靠方，要求其停止挂靠行为并解除挂靠关系。其次，如果挂靠方拒绝解除挂靠，可向当地建设行政主管部门报告，请求协助处理。在申请注销过程中，需提交相关证明文件，如身份证、建造师证书、从业经历证明等。同时，还需提供挂靠方恶意挂靠的证明材料，例如协议书、聘用合同等。提交申请后，需等待建设行政主管部门审核，一般需要数个工作日。审核通过后，建造师注册信息将被注销，但需注意，注销后若要重新注册，必须通过建造师资格考试。

在实际操作中，建议在联系挂靠方时，尽量保持沟通的书面形式，例如发送邮件或留有通话记录，以便在必要时提供证据。同时，与建设行政主管部门沟通时，应当详细了解所需提交的具体文件清单，并确保所有材料的真实性与完整性。在等待审核期间，可以持续关注申请进度，并及时补充任何可能被要求的额外材料。

值得注意的是，注销建造师注册后，若需要重新注册，应首先确保自己符合重新注册的资格条件，如满足一定的工作经验年限等要求。在重新注册前，还应参加相关的继续教育课程，以保持专业技能的更新。最后，在重新注册过程中，务必确保所有提交的材料真实有效，以避免后续可能出现的问题。