这事正常的，发票金额一般是反应实际的出口数量，而报关因为在商检之前，所以很多报关数量都是合同数量，如果货物是液体的，这样会跟实际产生差异。而且不管是海关还是税务，都会在他们的控制系统中默认一个上下浮动的差异率，如果没记错应该是5%的上下浮动。

所以，应该按照发票金额入账，而不应该按照报关单金额入账。相应的出口退税就按照账载金额申报就行。