新《事业单位会计制度》中，针对在建工程的会计处理有详细的规范。在建工程的成本核算主要涉及固定资产的转入、工程实际支付款项、利息支出、工程完工交付使用、设备的购入与安装等环节。

当固定资产转入改建、扩建或修缮等时，会计分录为：借：在建工程，贷：非流动资产基金—在建工程；同时借：非流动资产基金—固定资产累计折旧，贷：固定资产。实际支付的工程价款，会计分录为：借：在建工程，贷：非流动资产基金—在建工程；同时借：事业支出/经营支出，贷：财政补助收入/零余额账户用款额度/银行存款。建设期间发生的利息支出，计入在建工程成本，会计分录为：借：在建工程，贷：非流动资产基金—在建工程；同时借：其他支出，贷：银行存款。

工程完工交付使用时，会计分录为：借：固定资产，贷：非流动资产基金—固定资产；同时借：非流动资产基金—在建工程，贷：在建工程。购入需要安装的设备，会计分录为：借：在建工程，贷：非流动资产基金—在建工程；同时借：事业支出/经营支出，贷：财政补助收入/零余额账户用款额度/银行存款。融资租入需要安装的设备，会计分录为：借：在建工程，贷：长期应付款非流动资产基金—在建工程；同时借：事业支出/经营支出（相关税费），贷：财政补助收入/零余额账户用款额度/银行存款。发生安装费用时，会计分录为：借：在建工程，贷：非流动资产基金—在建工程；同时借：事业支出/经营支出，贷：财政补助收入/零余额账户用款额度/银行存款。

设备安装完工交付使用时，会计分录为：借：固定资产，贷：非流动资产基金—固定资产；同时借：非流动资产基金—在建工程，贷：在建工程。新《事业单位会计制度》中，1511在建工程科目专门核算事业单位已经发生必要支出，但尚未完工交付使用的各种建筑（包括新建、改建、扩建、修缮等）和设备安装工程的实际成本。

本科目应当按照工程性质和具体工程项目等进行明细核算。事业单位的基本建设投资应当按照国家有关规定单独建账、单独核算，同时按照本制度的规定至少按月并入本科目及其他相关科目反映。事业单位应当在本科目下设“基建工程”明细科目，核算由基建账套并入的在建工程成本。有关基建并账的具体账务处理另行规定。