南京理工大学的王牌专业包括机械工程、武器系统与工程、化学工程与工艺、环境工程、电子信息工程、光电信息科学与工程、计算机科学与技术、软件工程、信息管理与信息系统等。该表提供了国家特色专业、教育部卓越工程师教育培养计划专业及其他重点专业列表，如机械工程及自动化、化学工程与工艺、电子信息工程、材料科学与工程等。其中，江苏省品牌专业包括机械工程及自动化、化学工程与工艺、电子信息工程、自动化等。南京理工大学还开设有经济管理学院、机械工程学院、化工学院、电子工程与光电技术学院、计算机科学与工程学院、自动化学院、理学院、外国语学院、公共事务学院、材料科学与工程学院、环境与生物工程学院、设计艺术与传媒学院等众多院系，涵盖工商管理、金融学、会计学、人力资源管理、计算机科学与技术、软件工程、自动化、电气工程及其自动化、光电信息科学与工程、环境工程等多个专业。南京理工大学的专业设置丰富，旨在培养具有扎实理论基础和实践能力的高级专门人才。