哈尔滨工程大学的本科第二学历是被国家认可的。按照国家的考试计划，学生需参加省自考委组织的统一考试，所有成绩合格者将获得由省自考委颁发、主考院校副署的、教育部电子注册的毕业证书。这个学历不仅在高等教育学生信息网上有电子注册，可供用人单位查询，还允许考生参加研究生入学考试、公务员考试以及就业活动。

课程成绩的构成十分严谨，网络助学考核评价成绩占总成绩的30%，国家统一考试成绩占40%，而课程实践成绩则占10%，这确保了学历的权威性。此外，对于符合学位授予条件的本科毕业生，通过成人高等教育学位外语考试后，学校会授予相应的学士学位。

本科第二学历的学习通常安排在业余时间，如双休日或晚上，学制为两年。即使学生在学期间未能完成所有课程，毕业后仍有机会继续通过社会自学考试来完成学业。对于专科生，尤其是跨专业报考的考生，除了专业课程学习，还需通过额外的跨专业加试课程。

以上信息来源于哈尔滨工程大学的自学考试“本科第二学历”招生简章，表明该校的本科第二学历教育是受到国家教育部门正式认可的。