合肥市南门小学致力于科研兴校和特色立校，坚持素质教育，先后承担了省级和国家级课题实验，提升了教师教育素养。学校顺应时代，通过素质教育实践，总结出以“自主教育”思想为指导的办学模式，目标是培养学生的自我发展和自主学习能力，通过学科、活动和环境课程实施。这促进了学生全面、主动、和谐的发展，形成了积极向上的校风、严谨的教学风格和勤奋好学的学风，展现了学校的特色。

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合肥南门小学以培养学生的整体素质为目标，注重对学生的多种能力和兴趣爱好进行培养，每周五下午开设专门的兴趣发展课，成立了学校、班级两级兴趣活动小组，班级的兴趣小组有手抄报、橡皮泥、象棋、健美操、剪纸等活动小组，体现出班班有特色、人人都参与的整体效果。同时学校也成立了校级的兴趣小组，有舞蹈、器乐、书法、绘画、陶艺、田径、乒乓，鼓号队参与学生达四百多人，并在国家、省、市各级各类的竞赛中获奖。