南京市有很多知名的高等教育机构，以下是其中一些主要的大学：

1. 南京大学（Nanjing University）

2. 东南大学（Southeast University）

3. 南京理工大学（Nanjing University of Science and Technology）

4. 南京航空航天大学（Nanjing University of Aeronautics and Astronautics）

5. 南京师范大学（Nanjing Normal University）

6. 南京农业大学（Nanjing Agricultural University）

7. 南京工业大学（Nanjing Tech University）

8. 南京医科大学（Nanjing Medical University）

9. 南京邮电大学（Nanjing University of Posts and Telecommunications）

10. 南京财经大学（Nanjing University of Finance and Economics）

11. 南京信息工程大学（Nanjing University of Information Science and Technology）

12. 南京审计大学（Nanjing Audit University）

13. 南京艺术学院（Nanjing Institute of Arts）

14. 南京体育学院（Nanjing Sport Institute）

15. 南京森林警察学院（Nanjing Forest Police College）

以上只是一部分在南京的大学，实际上还有很多其他的高等教育机构。