内蒙古大学继续教育学院设立了学院办公室、教学管理部、学生管理部、培训部四个部门，下设自学考试管理办公室、成人招生办公室、学院团总支、教材服务中心。学院具备自主任命管理人员的能力。

自1985年自学考试制度实施以来，内蒙古大学作为主考院校之一，承担了多项任务，如命题、阅卷、编写考试大纲和辅导资料等。学院在1995年成立后，统一负责学校的自学考试管理工作。至目前为止，学校担任主考任务的专科层次专业有9个，本科层次专业有10个，开考课程约200余门。每年的试卷评阅量约为20万份，实践性环节考核人数1000多人次，自1993年以来学校主考专业的毕业生数约3万多人，较好地完成了自学考试的各项任务。

利用学校学科门类齐全、师资力量雄厚、办学严谨的优势，学院积极发展本科层次的函授、业余教育，稳步扩大办学规模。预计到2005年，在籍生数将达到6000人左右，继续教育、短期培训等各类非学历教育人数达到2000人左右，总计达到8000人的办学规模。