独立院校与民办学院在设立、举办方、办学位次、毕业证、学费等方面存在差异。设立方面，民办高校依据的是《民办教育促进法》，而独立学院则是基于教育部的行政规章。在学位层次上，独立学院专注于本科教育，而民办学院则提供专本科教育的全体系。

举办方构成也是二者的主要区别之一。独立学院的举办方是普通高校，而合作方则是社会力量。与此相对，民办学院的举办者则完全由社会力量构成，这是区别两者最直观的特性。

毕业证书方面，虽然都是高等教育学历，但独立学院和民办学院的证书在社会认可度上可能存在差异。独立学院的毕业证书往往受到普通高校的背书，而民办学院的证书则更多依赖于自身在教育质量、教学资源以及社会声誉等方面的表现。

学费方面，独立学院的学费通常由举办普通高校的社会合作方承担，因此在收费上可能与普通高校存在差异。相比之下，民办学院的学费完全由社会力量负责，收费标准则可能更为灵活，但也可能相应地体现出较高的成本。

总体而言，独立院校与民办学院在设立机制、举办方、学位层次、毕业证书以及学费等方面存在一定的区别。这些差异不仅影响了学院的定位和发展方向，也对学生的教育选择、职业发展以及社会对高等教育机构的认知产生了影响。