在处理失控发票时，首先需要了解发票失控的具体原因，这将决定后续的处理步骤。

根据《关于金税工程增值税征管信息系统发现的涉嫌违规增值税专用发票处理问题的通知》（国税函〔2006〕969号），失控发票在未得到稽查确认前，不得用于抵扣。如果是由税务机关内部原因导致的失控，发票有可能被允许抵扣，但需提供相关证明。若开票方已经完成纳税申报，受票方则可以进行抵扣。

在操作流程上，开票方的主管税务机关需要出具已纳税证明。当系统将发票标记为失控时，应立即停止抵扣，并等待稽查结果。

如果发现失控是由税务机关原因导致，或者开票方已走逃但在此之前已缴纳税款，则需要进一步调查确认后，才能决定是否允许抵扣。纳税人应当密切关注税务机关的调查进展。

即便开票方走逃，只要最终能够追回并完成相应的税务处理，无论是行政处理还是刑事处理，收票方在补缴税款后也可以进行抵扣。如果收票方不了解开票方已被追回并补缴税款的情况，可能会蒙受经济损失。

因此，遇到失控发票时，建议企业与税务机关保持密切沟通，及时了解相关情况，并根据实际情况采取相应的措施。