在赣州市内，有三所一本大学：江西理工大学、赣南师范大学与赣南医学院。

江西理工大学，校本部位于赣南市，但南昌也设有校区，共有五个校区。南昌校区主要开设软件、建筑和金融等专业。学校虽然非211、985院校，但仍属国家认可的一本大学。学校设18个教学学院，开设68个本科专业，部分专业具备博士点资格。

赣南师范大学，位于赣州市章贡区，设有三个校区，全部位于市内。化学化工学院是该校的强势学院，考研率颇高。历史学也是赣南师范大学的强项，尤其是在苏区研究领域。

赣南医学院，位于赣州市内，设有两个校区。不少人会误以为它是二本院校，但实际上，学校拥有一个江西省一流学科和两个省高校“十二五”重点一级学科。临床医学是该校的王牌专业，专业发展态势良好，专业分流方向也较多。