肇庆医学高等专科学校设有马克思主义学院、人文学院、基础医学院、临床医学院、中医学院、口腔医学院、护理学院、药学院、医学技术学院、公共卫生学院等学院。学校创建于1958年，前身是中山医学院肇庆分院。2004年5月，学校升格为肇庆医学高等专科学校，成为广东省唯一一所独立建制的公办医学高等专科学校。学校曾于1994年、2000年获得国家教委、教育部的重点中专学校称号。1993年、1999年与广东医学院、中山医科大学联合办学，设立教学部和教学点。2004年5月，经教育部批准，成为全日制普通高等专科学校。