化州市水务局的内设机构及其主要职能如下：

1. 办公室：负责综合协调局内各股室工作，包括机关日常管理、公文处理、政务信息、档案保密等工作，并指导水利系统的相应工作。组织会议、对外宣传、重要事项督办等，同时负责机关规章制度建设和接待工作。

2. 人事股：承担机关编制、人事管理、公务员管理等工作，负责干部教育培训、档案管理、考核以及对外合作、纪检监察等工作，包括查处违纪案件和离退休干部管理。

3. 规划计划股：负责全市水利发展战略和规划的编制，组织重大专题研究，管理水资源规划，协调防洪论证和项目审批，负责水利基建项目立项和年度投资计划管理。

4. 财务审计股：负责机关及下属单位的财务管理，负责预算编制、会计核算、资金监管和绩效评估，研究资产管理政策，监督水利资金使用。

5. 政策法规股：负责规范性文件审查，法律、法规制定和解释，组织水法制宣传，执法检查，行政许可监督，采砂管理，以及行政复议等工作。

6. 水资源管理股：负责全市水资源的统一管理和保护，包括水资源配置、节约、保护和水资源调查评价，参与水资源分配和调度，指导节水型社会建设。

7. 工程建设管理股：制定水利建设政策，监督工程实施和验收，负责河道、水库管理和防洪安全，指导重点水利工程的建设和运行。

8. 水土保持股：管理全市水土保持工作，制定水土保持规划，监督水土保持政策和技术标准的实施。

9. 农村水利股：指导农村水利，监督农村水利政策和技术标准，指导农田水利建设和农村饮水安全工作。

10. 农电管理股：负责农村水电的政策制定和管理，包括小水电行业监管和电气化建设。

11. 水库移民工作办公室：负责水库移民安置扶持工作。

12. 防汛防旱防风指挥部办公室：处理市防汛防旱防风指挥部的日常工作。