存档还是在你户籍所在地的派出所的，只是现在公安机关是全国联网的，户口信息资源可以共享。

但实际上的很多户口问题都需要到户籍所在地的派出所才能办理。

各个公安局的户口存档都是负责各个地区的。

举个例子，你是北京的你的户口档案就存在北京公安局，如果上海的公安局想查能查到的，但是信息源还是北京公安局提供，是全国联网的，户口信息资源可以共享。

简明地说就是各市区有各个市区的数据库去存档和管理各个市区的户口信息。之间信息是互联共享的，但是更改权只有当地有，所以迁户口是由双方两个城市协作同意才能协调完成的。

扩展资料：

根据《中华人民共和国户口登记条例》规定

第二条

中华人民共和国公民，都应当依照本条例的规定履行户口登记。

现役军人的户口登记，由军事机关按照管理现役军人的有关规定办理。

居留在中华人民共和国境内的外国人和无国籍的人的户口登记，除法令另有规定外，适用本条例。

第三条

户口登记工作，由各级公安机关主管。城市和设有公安派出所的镇，以公安派出所管辖区为户口管辖区；乡和不设公安派出所的镇，以乡、镇管辖区为户口管辖区。乡、镇人民委员会和公安派出所为户口登记机关。

居住在机关、团体、学校、企业、事业等单位内部和公共宿舍的户口，由各单位指定专人，协助户口登记机关办理户口登记；分散居住的户口，由户口登记机关直接办理户口登记。

居住在军事机关和军人宿舍的非现役军人的户口，由各单位指定专人，协助户口登记机关办理户口登记。

农业、渔业、盐业、林业、牧畜业、手工业等生产合作社的户口，由合作社指定专人，协助户口登记机关办理户口登记。合作社以外的户口，由户口登记机关直接办理户口登记。

第四条

户口登记机关应当设立户口登记簿。

城市、水上和设有公安派出所的镇，应当每户发给一本户口簿。

农村以合作社为单位发给户口簿；合作社以外的户口不发给户口簿。

户口登记簿和户口簿登记的事项，具有证明公民身份的效力。

第二十二条

户口簿、册、表格、证件，由中华人民共和国公安部统一制定式样，由省、自治区、直辖市公安机关统筹印制。公民领取户口簿和迁移证应当缴纳工本费。

参考资料来源：法律法规数据库-中华人民共和国户口登记条例