瑞昌市国家税务局机构设置详尽，主要分为内设机构、直属机构和事业单位，以及三个派出机构。以下是各部门的主要职责：

内设机构：

1. 办公室：负责年度工作计划和发展规划，处理日常政务，组织会议，管理文秘事务、保密工作和调研，负责税收宣传，制定办公规则，以及后勤服务和行政事务管理。

2. 人事教育股：负责人事管理制度的研究和执行，负责人事管理、干部监督、教育培训等工作。

3. 监察室：负责本局的纪律检查和行政监察工作，维护工作纪律。

4. 税政法规股：负责税种征收管理，法规执行监督，增值税防伪税控推广，税收征管法律研究，以及进出口税收管理。

5. 计划财务股：负责税收计划编制、统计分析，经费和财务管理工作，以及内部审计和政府采购。

6. 征收管理股：负责征管资料收集，税源调查，税款征收工作。

7. 办税服务厅：提供个体和企业税收服务，包括发票管理、申报征收等。

8. 税源管理科：负责新纳税人预算申报，城区范围内税收征收和检查，以及出口退税审核等。

9. 纳税评估科：负责纳税评估工作，包括重点企业的评估和专项评估任务。

直属机构：

稽查局：负责全市税务稽查，违法案件查处，以及与司法机关的协调工作。

事业单位：

信息中心：负责信息系统建设和管理，计算机网络维护，数据库管理，以及税控器具的鉴定和推广。

派出机构：

码头分局、南义分局、花园分局：负责执行上级指示，税务征收管理，制度制定，干部思想政治工作，精神文明建设和廉政建设。