宿州市教育局内设机构是为了更好地履行其职责，具体设有以下八个部门：

办公室: 管理机关日常事务，协调各部门工作，负责文书、会议、机要事务、信访和档案管理，起草综合性文稿，负责信息、保密、政务公开、电子政务等，以及局机关及直属事业单位的后勤服务和全市教育系统的对外交流与合作。

人事科: 负责教师队伍建设，人事、劳动工资管理、人事制度改革，机构编制、工资人事管理，市直学校领导层管理，专业技术职务评聘，表彰奖励，教师培训，教师资格认定，城镇支援农村教育，师德师风建设，教师就业指导，以及离退休人员服务管理。

计划财务科: 制定教育发展规划和年度计划，指导学校布局调整，管理教育基本建设，负责教育经费筹措、统计、监督，预决算编制，财政教育投入管理和监督，指导财务资产管理，以及教育援助和贷款管理工作。

政策法规宣传科: 管理思想政治工作，研究教育政策，负责法制建设和依法行政，法律宣传教育，规范性文件审核，新闻宣传和精神文明建设，计划生育指导。

基础教育科: 管理义务教育、普通高中、幼儿教育、特殊教育和民族教育，制定发展政策，指导教学改革，负责学校评估、教材选用和教学指导，德育教育及校外教育，普通高中招生和学籍管理。

职业与成人教育科（行政审批服务科、民办教育管理办公室）: 管理中等职业教育和成人教育，指导教育教学工作，参与发展规划和体制改革，负责中职学校招生、学籍管理和资助政策。

安全教育科（含体卫艺工作）: 负责学校安全稳定和综合治理，监督安全预案执行，指导体育、卫生、艺术、国防和安全教育，以及体育竞赛和艺术交流活动的组织协调。

市政府教育督导团办公室: 制定督导工作规章制度，组织教育督导评估，对教育法律、政策执行和县级政府教育工作进行督导检查，负责市政府教育督导团的日常事务。