罗湖站为东铁线北面的终点站，连接中国广东省深圳市，亦是香港从陆路进入中国大陆的最重要及最繁忙关卡，平均每日有25万人次使用罗湖站。2005年使用罗湖站的乘客超过8600万人次。罗湖站目前为世界第二最繁忙的陆路过境口岸（於2011年被拱北口岸以9400万人次打破）。持有边境禁区通行证的人士或於罗湖学校就读的学生，亦可利用罗湖站前往罗湖村、沙岭或料壆村。这些人士如合资格，亦可申请「罗湖特价证」，享用以本地线收费结构计算的车费，而不需缴付较昂贵的跨境线收费。

由於来往本站或落马洲站的车资较来往其他车站相对地高出很多，例如，粉岭站来往上水站的成人八达通车资为港币$3.5，而上水站来往罗湖站或落马洲站的成人八达通车资为港币$22.4，所以本站的逃票问题非常严重。这些逃票人士包括部分经常往返粤港两地的平行进口货品携带者（俗称「水货客」）。2008年更有29名员工因上前截查，而遭逃票人士袭击受伤。2008年11月中， 一名站务员在该站入境大堂闸口发现有数名乘客企图冲闸逃票，站务员见状上前截查，却遭对方拉扯衣服、推撞，而与对方同行人士更加入战团，对站务员拳打脚踢，多名站务员一度上前阻止。虽然港铁已通知驻站警岗，但警员要在事发後三、四分钟才赶至，警方拘捕了两名疑犯。因此，为防止乘客逃票，港铁於2009年3月至4月期间，将本站所有新式活板闸机更换为传统的转棍闸机，而少数几部阔闸机亦有职员把守，以防止多名乘客只缴付一名乘客的车资却同时通过闸机。

部份东铁线的港铁列车在本站清客後，便会暂停服务，返回何东楼车厂或前往罗湖编组站和上水屠房停泊。届时，有关列车广播会在进站前提醒所有乘客下车，列车抵站後只打开岛式月台那边的车门，不会打开侧式月台那边的车门。