我听过两种说法：

一是古文言文中说肉夹馍的含义是肉夹于馍，陕西的肉夹馍历史悠久，继承了古文言的说法；

二是陕西的方言读馍夹肉读出来容易让人误解为没有夹肉，所以人们不叫馍夹肉，而改为肉夹馍了。