增值税差额征税的主要原因是为了消除重复征税环节，并促进经济合理发展。具体来说有以下几点解释：

一、消除重复征税环节

增值税作为一种流转税，其征税对象是在商品生产流通环节产生的增值额。在差额征税的制度下，企业可以将购买的原材料等物品所含的增值税进行抵扣，避免了对同一商品在多个环节重复征税的问题，保证了税收的公平性和合理性。差额征税能够有效避免税负过重的问题，降低企业的运营成本。

二、提高税收征管效率

差额征税制度通过抵扣机制简化了税收的计算过程。企业可以根据购买物品时取得的增值税专用发票进行税额抵扣，减少了税务部门的工作量，提高了工作效率。同时，这一制度还可以减少税收征管中的漏洞，避免税收流失，保障了国家的财政收入。

三、促进经济合理发展

差额征税有利于激励企业进行技术创新和设备升级，从而提高生产效率和产品质量。在差额征税制度下，企业的研发投入和固定资产购置等投资行为可以获得相应的税额抵扣，降低了企业的投资成本，激发了企业的投资积极性。这对于推动产业升级和经济结构优化具有积极意义。此外，差额征税还有助于引导资本向重点领域流动，促进经济均衡发展。

总的来说，增值税差额征税是一种科学合理的税收制度，旨在消除重复征税环节、提高税收征管效率并促进经济合理发展。通过这一制度，可以有效地保障税收的公平性和合理性，激发企业的活力，推动经济的持续健康发展。