原始发票丢失的做账方法如下：

1. 抵扣联丢失前已认证相符，可使用发票联复印件备查；未认证，须到税务机关认证，复印件备查。

2. 发票联丢失，应重新开具发票，并注明丢失发票的相关信息。

3. 已填开的发票联丢失，需取得原签发单位的证明，注明原发票信息，经办单位负责人批准，可代做原始凭证。

4. 全联次丢失，购买方凭销售方提供的记账联复印件及税务机关出具的证明单，经审核同意，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。

原始发票的管理制度：

1、原始发票的保管要求：原始发票应当按照规定的时间期限妥善保管，以备税务、审计等部门查验；

2、原始发票的领用和登记：企业应当建立发票领用登记制度，明确领用人、领用数量及用途，并做好登记；

3、原始发票的审核和认证：发票在录入账务处理前，应由专人审核其真实性、合规性，并进行必要的认证手续；

4、原始发票的作废和报废处理：对于错误或不再使用的原始发票，应当按照规定程序进行作废或报废处理，并做好记录；

5、原始发票的电子化管理：随着技术的发展，企业可以采用电子发票系统，实现原始发票的电子化管理，提高效率和准确性。

综上所述，原始发票丢失时，应根据是否已认证、发票联的具体情况采取不同的做账方法，包括使用复印件备查、重新开具发票、获取原签发单位证明以及使用记账联复印件及税务机关证明单等措施，以确保增值税进项税额的正确抵扣和会计记录的合规性。

【法律依据】：

《发票管理办法》

第三十五条

未按照规定存放和保管发票的，由税务机关责令改正，可以处一万元以下的罚款。依照上述规定，制定行政处罚裁量基准如下：（一）在规定期限内改正的，每组处一百元罚款，罚款合计最高不超过一万元；（二）在规定期限内未改正的，每组处二百元罚款，罚款合计最高不超过一万元；（三）情节严重的，每组处一千元罚款，罚款合计最高不超过一万元。