如果您的孩子在农村上小学二年级，想要在三年级时转到市里的学校，可以按照以下步骤进行：

1. 联系目标学校：首先，您需要联系市里的目标学校，了解他们的转学规定和要求，确定是否接受转学生，并了解所需的文件和手续。

2. 准备必要的文件：您需要准备一些必要的文件，如学生的转学申请表、学生的身份证明（如身份证、户口本等）、在读证明（如果正在其他学校就读）、疫苗接种证明、以及孩子的成绩单等。

3. 提交申请：将上述文件提交给目标学校，同时向学校提供您孩子的学籍资料（如学籍卡等）。通常，您需要在学校的规定时间内提交申请，具体时间需要您向目标学校咨询。

4. 等待审批：学校会审核您的申请，如果您的孩子符合学校的转学要求，学校会批准孩子的转学申请。

5. 办理手续：如果学校批准了您的申请，您需要按照学校的规定办理相关手续，如缴纳转学费、安排孩子的面试等。

6. 入学：最后，您需要按照学校的安排，让孩子正式入学。

需要注意的是，每个学校的转学规定和要求可能会有所不同，因此您需要在申请前详细了解目标学校的要求和规定。同时，转学对孩子的适应也是一个挑战，建议家长和孩子提前做好心理准备。