工程预付款的扣回方式多种多样，主要分为备料款扣还、公式计算扣款、合同规定扣款以及最后一次性扣款。首先，备料款是预付款的一种，施工后期材料需求减少时，会通过抵扣工程价款的方式逐渐回收。起扣时间和比例应在施工合同中明确，通常以未完工程所需材料价值等于预付备料款为起扣点，每次结算按材料比例扣减。

公式计算方法是根据工程剩余工作所需的主材价值等于预付备料款的条件进行。例如，合同价300万元，主材占62.5%，预付25%的备料款75万元。当工程累计结算达到180万元时，开始抵扣。如果规定工程进度达到60%开始扣款，那么每完成10%进度，扣回预付金额的25%。

对于简单工程，可能在工程完成前一次性扣回备料款。预付款的额度通常不超过合同金额的30%，主要用于施工初期的材料采购和设备购置等。

预付款的发放和扣回需要遵循合同条款，承包商需提供预付款保函后才能申请支付，发包人在核实后按约定时间支付。预付款是施工初期资金流动的关键，通常被称为预付备料款。

工程预付款的扣回点可以通过公式T=P-M/N计算，其中P为合同总额，M为预付款，N为主材占比。总的来说，工程预付款的扣回与合同条款紧密相关，需确保在工程进展和资金管理中合理运用。