分公司可以独立开票。

分公司作为独立的法人实体，具有独立的经营权和纳税义务，可以独立开具发票。无论分公司是否为独立核算，只要从事生产经营且与总机构不在同一县市，都应到所在地主管税务机关办理税务登记，接受税务管理，缴纳税款，并开具发票。如果经有权的税务机关批准实行汇总纳税，应按照规定缴纳税款和开具发票。分公司在税务登记后，可以向税务局申领发票，用于经营活动中的税务申报和缴纳。