首先需要确定你所持有的二级建造师证书是注册在当前工作的单位还是挂靠在其他单位。如果是当前单位扣押证书，建议你向当地人力资源和社会保障部门或者建设行政主管部门咨询，了解具体的处理办法，并寻求相关部门的帮助。这些部门通常会提供一定的指导和协助，帮助你解决遇到的问题。

而如果证书是由挂靠单位扣押的话，情况可能会相对复杂一些。在这种情况下，建议你与挂靠单位进行充分的沟通和协商，尽量争取对方的理解和支持，争取早日归还证书。在协商过程中，你可以准备相关的法律文件和合同条款，作为支持你权益的依据。

在处理这类问题时，保持积极和理性的态度是非常重要的。你可以寻求法律专业人士的帮助，以便更好地理解自己的权利和义务。此外，你还可以通过行业协会或者相关组织寻求帮助，这些机构通常会提供专业的咨询服务，并且可以为你提供更多的支持和帮助。

在协商过程中，建议你准备一份详细的书面沟通记录，记录下每次与单位沟通的内容、时间和地点等信息。这样在后续的处理过程中，可以作为重要的参考依据。同时，也要注意保存所有相关的文件和证据，包括合同、协议、沟通记录等，以便在必要时提供有力的支持。

最后，建议你保持与单位的良好沟通，尽量通过友好协商解决问题。如果协商无果，你还可以考虑通过法律途径来解决争议。在采取法律行动之前，最好咨询专业的法律顾问，确保你采取的措施是合法且有效的。