全院设有电气工程研究所（含高压、继电保护、油气专业）、系统工程研究所（含系统、自动化专业）、动力工程研究所（含汽轮机、锅炉、热控、化水专业）、计量检测研究所、水能动力工程研究所、环保工程研究所、信息情报研究所、金属工程研究所等主要专业部门。此外，还设有：电力工业福建发电用煤质量检测中心、福建省电力六氟化硫监督检测中心、福建省电力锅炉压力容器检验中心、福建省电力电气设备质量检测中心、福建省电力节能检测中心、福建省电力焊工培训中心、福建省电力电瓷质量检测中心、福建继电保护维修中心、福建电力化学清洗中心、福建省电力环境监测研究中心站及福建省电力劳动环境检测监督中心站。作为福建省电力有限公司技术中心核心成员单位，设有博士后科研工作站与研究生工作站。2001年3月成立厦门亿创技术开发有限公司，2005年4月成立福建中试所电力调整试验有限责任公司。