四川农业大学设有三大校区，分别是雅安校区、成都校区、以及都江堰校区。

其中，四川农业大学的雅安校区位于四川省雅安市雨城区新康路46号，占地面积之广，几乎相当于雅安市区的三分之一，成为学校的政治中心。校区由濆江分隔老校区和新校区，所有机关职能部门均设于此。

成都校区则坐落在成都市温江区惠民路211号，占地面积约为600余亩。该校区前身是1988年成立的四川农业大学水稻研究所，1990年12月，研究所从雅安迁至温江。

都江堰校区位于世界旅游文化城市都江堰，占地面积1660余亩，校舍建筑面积达12余万平方米。其前身是1953年成立的四川省林业学校，2001年4月整体并入四川农业大学设立都江堰分校，后于2009年11月更名为四川农业大学都江堰校区。2012年2月，原小麦研究所地块整体置入都江堰校区。