为了深入贯彻党的十六大精神，并积极响应科教兴国的战略，南开大学致力于物理学科教育事业的进步。2003年，南开大学泰达学院与物理科学学院携手合作，成立了南开大学泰达应用物理学院。学院的首任院长，由当时的物理科学学院院长许京军教授担任，现任院长由Romano Rupp教授执掌。

泰达应用物理学院在运行机制上采取了物理学科学术委员会领导下的院长责任制，内部各专业方向实行首席教授负责制。首席教授由学术委员会推荐并聘请，他们通常是在各自专业领域享有盛誉的学术领袖，负责学科建设、教学科研和创新发展等关键任务。作为南开大学的直属学院，泰达应用物理学院的核心工作包括科学研究、研究生教育、学科发展和学术交流，致力于提升学校的物理学科实力和影响力。