在原卫生部直属的11所医科大学中，包括了同济医科大学、华西医科大学、北京医科大学、湖南医科大学、北京协和医学院、上海医科大学、中国医科大学、西安医科大学、白求恩医科大学、山东医科大学以及中山医科大学。

随着体制改革的推进，卫生部不再直接管理高校，这些医科大学面临着合并或是管理权限下放的选择。其中，有8所医科大学在2000年就已经完成了合并，另有1所医科大学被划归地方政府管理。

2001年，中山医科大学与中山大学实现了合并，成立了中山大学医学院，而北京协和医学院则与清华大学进行了合作办学，这一合作在2006年正式开始。

自此，医科大学的合并浪潮基本结束，原卫生部直属的11所医科大学中，有9所完成了合并。

这些合并后的医学院，不仅在规模上得到了扩大，也在科研和教育上取得了显著进步，为中国医疗卫生事业培养了大量人才。

合并后的医学院纷纷加大了科研力度，加强了与国际接轨的步伐，提升了教学质量和科研水平。

此外，这些合并后的医学院还加强了与企业的合作，推动了医学科研成果的转化，促进了医学技术的发展。

通过合并，这些医学院在资源共享、师资力量、科研设施等方面得到了极大的提升，为医学教育和科研注入了新的活力。

总体来看，这些合并后的医学院不仅在规模上得到了扩大，更在科研和教育上取得了显著进步，为中国医疗卫生事业培养了大量人才。