在选择生物工程专业硕士考研的学校时，华南理工大学无疑更受青睐。华南理工大学的生物工程专业全国排名位于第9名，这反映了其在生物工程领域的学术实力与教育质量。相比之下，南开大学的生物工程专业未能跻身全国排名前72位，这在一定程度上反映了其在生物工程领域的学术地位与影响力相对较低。

在决定选择华南理工大学还是南开大学时，我们应着重考虑以下几个方面。首先，华南理工大学的生物工程专业具有较强的科研实力和教学资源，能够为学生提供更优质的教育资源和更广阔的研究平台。其次，华南理工大学在生物工程领域的学术成果和科研项目较为丰富，能够为学生提供更多的学术交流与合作机会。此外，华南理工大学还拥有较强的就业竞争力，毕业生在就业市场上的表现较为突出。

综上所述，华南理工大学的生物工程专业在学术排名、科研实力、教育资源、学术交流与就业竞争力等方面均优于南开大学。因此，对于希望在生物工程领域深造并寻求良好发展机会的研究生来说，华南理工大学无疑是更优的选择。