集美大学提供了多种硕士研究生专业供学生选择，涵盖了多个学科领域。其中，一级学科硕士点共有9个，它们分别是水产学、生物学、食品科学与工程、交通运输工程、船舶与海洋工程、体育学、应用经济学、数学以及中国语言文学。这些学科点下设56个二级学科点，为学生提供了丰富的研究方向。此外，学校还设有四个硕士专业学位点，分别为农业推广硕士、工程硕士、教育硕士和税务硕士，涵盖了30个硕士专业学位领域。这些专业学位旨在培养具备实际操作能力和专业技能的应用型人才。

在水产学领域，学生可以深入研究海洋生物资源的可持续利用与保护，以及海洋渔业的现代化管理。生物学则涵盖了分子生物学、细胞生物学、遗传学等多个分支，为学生提供了多样化的研究路径。食品科学与工程专业则专注于食品的加工、保存及安全检测等方面的研究，培养具备食品科学研究与开发能力的专业人才。

交通运输工程领域关注交通系统规划、道路设计与施工、交通安全等方面，旨在培养具备交通工程理论与实践能力的高级工程技术人才。船舶与海洋工程专业则涉及船舶设计与建造、海洋工程装备等方面，培养具备船舶与海洋工程设计与管理能力的专门人才。体育学专业则关注体育教学、运动训练及体育管理等方向，旨在培养具备体育教育与管理能力的专业人才。

应用经济学专业则涵盖经济理论、政策分析、金融管理等方面的内容，培养具备经济学研究与应用能力的专业人才。数学专业则深入探讨数学理论与应用，培养具备数学研究与教学能力的专业人才。中国语言文学专业则关注中国语言文学的历史、理论与创作，培养具备中国语言文学研究与教学能力的专业人才。

农业推广硕士则专注于农业技术推广与应用，培养具备农业技术推广与应用能力的专业人才。工程硕士则涵盖多个工程领域，如机械工程、电子工程、土木工程等，培养具备工程技术研发与应用能力的专业人才。教育硕士则关注教育理论与实践，培养具备教育研究与教学能力的专业人才。税务硕士则专注于税收政策与管理，培养具备税收管理能力的专业人才。