微生物生态学主要探讨微生物与生物和非生物环境之间的相互作用，包括这些作用的现象、过程和机理。研究内容涵盖了多个方面，首先是传统和现代分子生物学方法在微生物生态学研究中的应用。通过这些方法，科学家能够更深入地了解微生物的生态特性。

其次，研究关注正常自然环境中的微生物种类和分布，以及它们随环境条件变化而发生的变化规律。这有助于我们理解微生物如何适应不同的生态环境，并在其中发挥重要作用。

在极端自然环境中，微生物的种类及其作用也是研究的重点。这些微生物在极端条件下生存，其生命机理的研究有助于揭示生命在极端条件下的生存策略。

微生物之间的相互关系，以及它们与动植物之间的相互关系，也是研究的重要部分。这些相互关系对自然界的影响，以及环境因素如何影响这些关系，都是微生物生态学研究的关键内容。

在正常自然环境中，微生物的代谢活动对自然界的影响，以及环境条件如何改变这些活动，同样受到关注。通过对这些问题的研究，科学家能够更好地理解微生物如何影响生态系统的物质循环和能量流动。

污染环境中的微生物学也是研究的一个重要方向。这些微生物在污染环境中扮演的角色，以及它们如何影响污染环境的恢复过程，都是值得深入探讨的问题。

微生物产生的生态友好物质，以及微生物生态模型的建立，也是微生物生态学研究的重要方面。通过这些研究，我们可以开发出更加环保的解决方案，促进生态系统的健康和可持续发展。