南京理工大学在专业综合水平上略胜于南京邮电大学与南京信息工程大学的计算机科学领域。尽管计算机专业广泛，各校的计算机方向各有特色与优势。南京理工大学计算机科学与技术学院内设多个系与研究所，包括计算机科学与技术系、软件工程系、智能科学与技术系、数字媒体理论与工程系、计算机网络与通信技术系等。学院还设有计算机科学与工程实验中心、计算机应用技术研究所、信息处理及安全技术研究所、智能机器人研究所等教学与科研机构。

2012年，南京理工大学学院“高维信息智能感知与系统创新引智基地”成功立项成为2013年“111”计划的一员，该基地以学院为主体参与。同年，学院与江苏省公安厅共同建设的“社会公共安全图像与视频理解实验室”也通过了建设方案论证。