你只给出了两个选项，那么我建议你，要是想学临床医学还是去吉林大学好一些。南京医科大学如果我没记错应该是个以药科为主的院校，不是医学。

吉林大学医学院的前身是白求恩医科大学，建国初期是第一军医大学——主要班底是四野的卫生队，水平很高。现在被并入吉大后也是东三省医学方面数一数二的名校（另一为在沈阳市的中国医科大学）。

整体水平大致就是这样，你要是学临床的话，本科是要从基础医学学起（并不分科），而一所医学院校的学术水平通常是独立分科判断的（譬如吉林大学医学部的神经内科在全国排名前三）。

希望对你有所帮助。