南航设有多个学院，其中明故宫校区主要涵盖航空宇航学院、能源与动力学院、机电学院和民航学院的研究生教育。其余学院的研究生则在将军路校区进行学习。

南航拥有航空宇航学院、能源与动力学院、机电学院、民航学院等15个学院，以及无人机研究院、直升机技术研究所等128个科研机构。学院内设有硕士学科点169个、博士学科点67个（其中一级学科博士学位授权点15个），拥有12个博士后流动站。这些丰富的教育资源为南航学生提供了全面的学习和发展平台。

南航的校区分布广泛，包括明故宫校区、将军路校区与天目湖校区。各校区各自承担着不同的教学任务，满足学生多样化的需求。明故宫校区以其航空宇航学院、能源与动力学院等优势学科，成为研究生教育的重要基地。