东莞市的高等教育机构众多，涵盖了本科与专科层次。其中，东莞理工学院作为一所公办本科院校，位于东莞松山湖及莞城地区。广东医学院东莞校区同样为公办本科院校，坐落于东莞松山湖。东莞理工学院城市学院则是一所独立本科院校，位于东莞寮步。中山大学新华学院也是一所独立本科院校，设在东莞麻涌。广东科技学院作为民办本科院校，位于东莞南城。

东莞职业技术学院是一所公办专科院校，设在东莞松山湖。广东亚视演艺职业学院是一所民办专科院校，位于东莞塘厦。广东创新职业技术学院也是一所民办专科院校，设在东莞厚街。广东文化产业职业学院则是一所省属专科院校，原名为广东社会科学大学，选址位于东莞生态园。东莞光明职业技术学院与东莞育才科技职业学院目前正处于筹建阶段。广东酒店管理职业技术学院同样处于筹建中，计划选址东莞厚街文化生态教育园。东莞台商职业学院也正在筹建。

在2016年东莞大学排名中，东莞理工学院位列榜首，广东医学院东莞校区排名第二，东莞理工学院城市学院位列第三，东莞职业技术学院排名第四，中山大学新华学院（东莞校区）第五，东莞市广播电视大学第六。广东亚视演艺职业学院排名第七，东莞市电子科技学校第八，东莞电大横沥分校则位列第九。