在处理国家自然基金项目合作单位资金分配时，需遵循以下准则：

1. 一旦项目获得资助，甲方和乙方应根据各自承担的项目经费额度，分别拟定“国家自然科学基金项目资金预算表”及“预算说明书”，并依据该预算方案执行资金分配。

2. 间接费用应按照“资金办法”的相关规定，扣除仪器设备购置费后，由双方按相同比例计算得出。

3. 项目经费将分阶段拨付。基金委将在年度经费到账后30天内，按比例将经费拨付给乙方。

需注意的是，资金分配的具体方案应依据合作协议的条款以及项目经费管理的相关规定来确定。