曼彻斯特大学的研究生学费大约在18,000至25,000英镑之间，具体取决于所选课程。商科课程的费用较高，例如会计、会计与财务、金融和量化金融每年的学费为24,500英镑；发展金融为21,500英镑；管理为22,500英镑；营销、运营、项目和供应链管理为22,000英镑；创新管理与创业为19,500英镑；而MBA课程的学费则高达44,000英镑。

工科课程中，计算机科学和通信与信号处理的学费为22,000英镑；高级控制与系统工程、电力控制工程为24,000英镑；航空航天工程和结构工程为22,500英镑。

牙科课程的费用则更高，例如临床牙科（儿科牙科）、固定和可移除的口腔修复（临床）、口腔正畸和牙周病每年的学费为46,000英镑；牙科公共卫生、牙髓病、牙髓病学为40,000英镑；牙科公共卫生（MDPH）为18,000英镑。

社会学科的课程相对便宜，例如城市设计与国际规划、经济学、教育、经典和古代史、历史、法学、哲学每年的学费为18,750英镑；心理学为19,000至23,000英镑。

在申请曼彻斯特大学的全日制硕士学位时，学生需要先支付大约1,000英镑的押金，之后才能获得确认录取通知书（CAS）。