区别大了。建筑工程系是土木工程类学科，建筑系是建筑学及城市规划学科。现在的大学里一般土木工程和建筑学都分家了，分属于两个不同的学院。

比如我们学校建筑工程系属于土木与交通学院，土木工程，交通工程在一起

建筑学系属于建筑学院，建筑学，城市规划，景观设计在一起。