电气工程及其自动化专业在不同学校中的院系划分有所差异。例如，在清华大学，该专业归属于电机工程与应用电子技术系。而在南京理工大学，电气工程及其自动化专业则位于自动化学院。同样地，武汉大学将电气工程及其自动化专业设于电气工程学院。

这种差异性反映了各校根据自身特色和教育资源，对专业进行合理分配和整合的结果。电机工程与应用电子技术系着重于电机及其控制系统的研究，而自动化学院则更关注于自动化技术的应用与开发。电气工程学院则聚焦于电气工程的基本理论与技术实践。

总体来看，虽然这些专业名称看似相似，但各自侧重的研究领域和培养目标可能有所不同。例如，电机工程与应用电子技术系可能更注重电机控制、电力电子技术等方面，而自动化学院则可能更加侧重于智能控制、机器人技术等领域。

各校根据自身的学科优势和市场需求，设置了不同的专业方向和课程体系，以培养适应社会需求的高素质工程技术人才。因此，选择专业时，除了考虑专业名称外，还应关注其具体的教学内容和科研方向。

此外，不同院系的师资力量、科研成果和实习就业机会也可能存在差异。因此，在选择专业时，学生应结合自身的兴趣和发展目标，综合考虑这些因素，以便做出更加明智的选择。