湖南理工学院作为一本大学，它具有本科一批招生资格，面向全国招生，为国家输送高质量的本科人才。而南湖学院则是湖南理工学院下属的二级独立学院，属于三本建制，这意味着它在本科教育中处于较低的层次。从历史背景来看，湖南理工学院前身包括岳阳师范专科学校、岳阳大学和岳阳教师进修学院，最初为二本建制。然而，经过多年的努力和提升，湖南理工学院在2020年成功通过教育部专家评审，正式升级为一本大学。

另一方面，南湖学院作为独立学院，虽然隶属于湖南理工学院，但在招生、教学和管理等方面具有相对独立性。独立学院通常在师资力量、教学设施和教育资源等方面有所限制，因此在本科教育中可能无法与一本大学相比。由于没有资格申请升级为一本院校，南湖学院只能保持其原有的三本建制。

综上所述，湖南理工学院和南湖学院在本科教育层次上存在显著差异。湖南理工学院作为一本大学，拥有更广泛的招生范围和更高的教育水平，而南湖学院则在资源和条件上相对有限，主要服务于本科三批的学生。尽管它们都隶属于湖南理工学院，但各自在教育定位和发展方向上都有所不同。

由于湖南理工学院的升格，使得其在本科教育中的地位得到了提升，而南湖学院则继续保持其原有的办学模式和教育层次。这种差异不仅体现在招生和教学上，还反映在毕业生的就业前景和社会认可度上。总的来说，湖南理工学院和南湖学院是不同层次的本科院校，各自承担着培养不同类型人才的任务。