淮南的高等教育机构包括安徽理工大学、淮南师范学院和淮南联合大学。

安徽理工大学，作为安徽省重点建设的特色高水平大学，是国家“中西部高等教育振兴计划”支持高校，与国家安全生产监督管理总局共建，也是教育部“卓越工程师教育培养计划”实施高校。学校占地面积约3200亩，创建于1945年，是安徽省最早的工科高校之一，也是全国最早开展矿业人才培养的两所高校之一。在1955年学校升格为合肥矿业学院，1958年更名为合肥工业大学，1971年，与煤相关学科专业等整建制迁至淮南，之后经历了淮南矿业学院、淮南工业学院等办学时期，期间并入原华东煤炭医学专科学校和淮南化学工程学校。2002年，学校正式更名为安徽理工大学。

淮南师范学院是安徽省属全日制普通本科高校，创立于1958年，当时为淮南师范专科学校。1962年，学校改建为淮南中学教师进修学校。1978年，学校复校并更名为淮南师范专科学校。1999年，淮南师范专科学校、淮南教育学院以及淮南师范学校三校合并组建成新的淮南师范专科学校。2000年，教育部批准淮南师范专科学校升格为本科层次的淮南师范学院。

淮南联合大学成立于1984年8月，1997年和2004年整合安徽广播电视大学淮南分校和淮南职工大学两校资源，形成“一个机构，三块牌子”的办学模式。2019年，淮南联合大学整体搬迁至山南新校区，现有占地面积约800亩，教职工400余人，在校生11000余人。