哈尔滨商业大学科技协会的机构设置如下：

协会设有主席一名，由张铭轩担任。此外，设有四位副主席。

办公室：负责校科协的资料撰写与整理工作，办公室的管理，协助人员制度建设，会议召开、记录，以及负责整理科协大事纪要。

科创部：原科技部与创业部整合而成。职责包括学生科研立项的服务，包括申请、指导培训、中期检查、结题、回收作品等。负责挑战杯学术类的重要环节服务，传播科普知识与科学理念。与办公室协作推动科协改革，主创校科协各项活动。

原创业部职责包括组织与举办“赢在商大”创业精英对抗赛，负责创业类挑战杯的重要环节服务。组织以“创业创新”为主旨的活动委员会。

科学实践部：负责与兄弟院校协调开展活动，与科创部等共同完成重要比赛事项的拟定。

宣传部：负责宣传策划工作，包括展板制作等。与办公室、网络部协同合作。

外联部：负责校科协日常工作的经费支出，进行外联活动，负责校科协的财务管理工作。

网络部：负责宣传、网络制作、网络维护，以及活动中的视频采集工作。