大多数叶绿体存在于叶肉中（海绵组织及保卫细胞中）,少数的叶绿体存在于茎（维管束鞘）或未成熟果实的表皮中及部分单细胞动物（比如眼虫）。

叶绿体存在于细胞中的细胞质基质中.