杭州医学院的研究生学费，全日制学术型硕士为每年8000元/生，全日制专业型硕士为每年10000元/生。具体各专业收费标准可根据学校最新公布信息查询。

杭州医学院设有研究生奖学金及助学金。研究生国家奖学金由中央财政设立，每年评审一次，全日制硕士研究生有资格申请，奖励标准为每生每年20000元。

研究生学业奖学金分一、二、三等，一等12000元/年（不超过总人数的20%），二等奖8000元/年，奖学金覆盖率100%。二年级和三年级研究生的奖学金标准分别为一等12000元/年（占总人数的20%），二等10000元/年（占总人数的30%），三等8000元/年（占总人数的50%）。

研究生三助奖学金覆盖所有全日制（全脱产学习）研究生，导师根据实际情况发放，平均每人每月不低于300元。企业奖学金根据社会捐助实际情况发放，奖励就读期间产出优秀科研成果或表现突出的研究生。研究生国家助学金用于补助基本生活支出，资助标准为每月500元。特殊资助机制为遭遇重大疾病、财产损失、家庭变故或自然灾害等情况的研究生提供补助。学校还设有生源地助学贷款、学业奖学金抵扣学费等多种绿色通道入学保障机制，支持硕士研究生完成学业。