南京机场目前已开通了42个国内主要城市、19个国际和2个地区城市的近120条航线，国际（地区）客运航线包括南京至新加坡、韩国首尔、日本 大坂、泰国曼谷、香港、澳门等城市的定期直达客运航线 以及由南京经北京中转至洛杉矶、法兰克福、伦敦、莫斯科、温哥华的定期虚拟国际航线；同时还包括南京至吉隆坡、普吉、沙巴等地的不定期包机。国际（地区）货运航线包括南京至洛杉矶、芝加哥、阿姆斯特丹、曼谷、首尔、新加坡、莫斯科、马尔莫等国际定期货运航线和南京至香港、南京—澳门—台北等地区航线，同时包括南京至列日、达卡等不定期包机航线。